Josef Martin Penninger (* 5. September 1964 in Gurten, Oberösterreich) ist ein österreichischer Genetiker und seit 2003 wissenschaftlicher Direktor am IMBA (Institut für Molekulare Biotechnologie der Österreichischen Akademie der Wissenschaften) in Wien.
Nach dem Besuch des humanistischen Gymnasiums in Ried im Innkreis studierte er von 1982 bis 1988 an der Universität Innsbruck Medizin, Kunstgeschichte und Spanisch. 1990 promovierte er mit der Arbeit Phenotypical and functional analysis of intrathymic nurse (TCN)-Lymphocytes, die er beim Innsbrucker Altersforscher Georg Wick verfasst hatte. 1990 bis 1994 arbeitete er als Post-Doktorand am Ontario Cancer Institute, danach bis 2003 am Department of Immunology and Medical Biophysics der University of Toronto (als Principal Investigator des US-Gentechnikkonzerns Amgen).
Penninger hat u.a. die innere Uhr bei Mäusen entschlüsselt, entscheidende Durchbrüche bei der Immuntherapie gegen Krebs erzielt und weiters auch völlig neue Erkenntnisse auf den Gebieten der Herzinsuffizienz und Infektabwehr gewonnen. Er hat zudem das entscheidende Osteoporose-Gen isoliert, welches zu innovativen Behandlungsstrategien gegen Knochenschwund sowie zu Einsichten zum Wachstum von Brustkrebs geführt hat. Penninger fokussiert sich neben vielen anderen Projekten gegenwärtig vor allem auf Stammzellforschung, auch mit dem Ziel ein internationales Stammzellzentrum in Österreich zu errichten. Penninger hat in den wichtigsten Fachjournalen wie Cell, Nature und Science publiziert und war Wissenschaftler (2003) sowie Österreicher des Jahres (2004), Träger u.a. des Descartes Preis (2006), Ernst-Jung Preis (2007), Innovator Award des US Department of Defense (2012) und zuletzt des Wittgenstein-Preis (2014). Nach Penninger besteht gerade das Schöne in der Wissenschaft darin, dass Ergebnisse nicht vorhergesagt werden können.